Встретил войну в 36 лет. Он работал кладовщиком склада запчастей Добрянской машинно-тракторной станции. Мобилизован в июле 1941 года.

Воевал в составе 602-го пушечного артиллерийского полка, затем в гвардейском гаубичном артиллерийском полку.

Участник контрнаступления Красной Армии под Москвой, битвы на Курской дуге, освобождения Украины, Польши и Чехословакии на Юго-Западном, Брянском, Воронежском и 1-м Украинском фронтах.

Гвардии рядовой Сергей Меркушев с боями прошёл от Москвы до Чехословакии. Войну закончил 11 мая 1945 года.

Награждён медалями «За отвагу», «За победу над Германией», «За освобождение Праги».
Умер в 1961 году.